- Đa số các trường hợp như nam giới thường hay giả/cải trang làm nữ giới hoặc ngược lại là người chuyển giới. Trừ một số người cải trang thành người có giới tính khác để phục vụ nhu cầu công việc/giải trí (họ có thể là người dị tính, đồng tính hoặc song tính) thì đa số những người này đều là người chuyển giới. Như đã nêu, vì người chuyển giới nhận thức, mong muốn có giới tính ngược lại nên họ đã cải trang như vậy. Trong trường hợp này, họ không phẫu thuật chuyển đổi giới tính vì pháp luật chưa cho phép hoặc không có điều kiện kinh tế. Cũng có nhiều người cho rằng người chuyển giới là điều bất bình thường, nam không ra nam, nữ không ra nữ. Đôi khi, một số người còn xem mong muốn được sống đúng giới tính của người chuyển giới là sự bệnh hoạn, không tự nhiên, không thể chấp nhận được. Nhiều gia đình khi biết con mình là người chuyển giới đã ép con phải sống đúng với giới tính khi được sinh ra, giam lỏng, không cho họ tiếp xúc với xã hội bên ngoài…
Tuy vậy, bản dạng giới của người chuyển giới là một điều tự nhiên, không thể thay đổi và họ có nhu cầu can thiệp y tế đối với cơ thể để phù hợp với bản dạng giới của mình. Đối với người chuyển giới, họ phải đối mặt với sự kỳ thị từ xã hội nặng nề hơn so với người đồng tính hay song tính.
Một nguyên nhân rất quan trọng của tình trạng này là do phần đông người chuyển giới không thể che giấu bản dạng giới của mình, khi thể hiện thì rất rõ ràng (ví dụ như người chuyển giới từ nam sang nữ thường hay cải trang thành nữ, dùng son phấn…) nên bị lộ nhiều hơn so với người đồng tính (ít nói ra xu hướng tính dục với người khác, thường chỉ thể hiện trong suy nghĩ hoặc giấu người xung quanh, dù có yêu người cùng giới tính cũng không thể hiện qua vẻ bề ngoài như người chuyển giới). Bên cạnh đó, nhiều người chuyển giới (ví dụ nam sang nữ) khi chưa tiến hành phẫu thuật thường thích đóng giả nữ, sử dụng son phấn khiến nhiều người trong xã hội hiểu nhầm họ là người đồng tính.
Chính điều này đôi khi làm cho người đồng tính kỳ thị người chuyển giới vì cho rằng người chuyển giới làm cho xã hội hiểu nhầm về đồng tính. Nhiều người chuyển giới đã phẫu thuật chuyển giới nhưng chưa được pháp luật và xã hội thừa nhận nên khó tiếp cận với các dịch vụ y tế, khó kiếm việc làm… Đôi khi một số người chuyển giới (đã phẫu thuật) vì chưa được đổi lại giấy tờ tùy thân nên khó khăn trong các quan hệ dân sự, xã hội hoặc bị xâm hại cơ thể nhưng không được bảo vệ thích đáng. Bản thân những người chuyển giới ở những quốc gia đã thừa nhận về mặt pháp lý nhưng trong đời sống xã hội họ vẫn có cuộc sống hết sức khó khăn. Điều này xuất phát phần lớn từ định kiến của xã hội.
Việc ghi nhận quan hệ sống chung của cặp đôi cùng giới là vấn đề nóng nhất của người đồng tính, bị chi phối bởi nhiều yếu tố chính trị, văn hóa, xã hội, truyền thống… Hiện nay trên thế giới có ba hình thức sống chung của người đồng tính được ghi nhận: Quyền kết hôn bình đẳng, kết hợp dân sự (sống chung có đăng ký), sống chung không có đăng ký. Thời gian qua, Liên hợp quốc cũng đã ghi nhận quan niệm về một phạm vi rộng rãi trong việc xác thực những tiến triển (thay vì cố định) của định nghĩa về gia đình. Thực tế cho thấy những người ủng hộ hôn nhân cùng giới dựa trên quyền chung của con người, bình đẳng trước pháp luật và mục tiêu bình thường hóa mối quan hệ LGBT (Viết tắt tiếng Anh của người đồng tính nữ, đồng tính nam, song tính và chuyển giới. (lesbian, gay, bisexual & transgender) và LGBTI là từ kết hợp LGBT và “I” là “intersex” (người liên giới tính).